目前中国学术界的日本通史有吴廷璆老先生编写的《日本史》这是很老的一本了，估计不好找，这是中国的日本学研究者的必读本。接下来有王仲涛,汤重南编写的《日本史》，08年人民出版社出版。复旦大学冯玮老师编著的《日本通史》，此书上海社会科学院出版社于今年（2012年）发行了新版。但是国内的日本学研究水平比较低，所以这几本日本史都谈不上很好，不是很推荐。
翻译本有日本学者坂本太郎的《日本史》，这本也是日本史学者的必读本。依田熹家的《简明日本通史》。康拉德·托特曼的《日本史》。詹姆斯·L.麦克莱恩的《日本史》，韩歇尔的《日本小史》。这几本都是有中译本的，比较好找到。
未翻译的有英文版的《剑桥版日本通史》，据说2016年有望出版发行，在网上可以下载到。
上述是目前学术界最权威且比较好找的日本通史了，比较推荐的是詹姆斯·L.麦克莱恩的《日本史》（海南出版社2009年版）和坂本太郎的《日本史》（中国社会科学出版社2008年版），不枯燥，文笔也较为流畅，次之可以选择篇幅较小一点的依田熹家编著的《简明日本通史》（上海远东出版社2004年版）和一本非常简单的韩歇尔的《日本小史》（2010年世界图书出版公司）。
另：《日本论》、《日本人》、《武士道》、《菊与刀》这些书当然也是名气很大的了，但是这些书并不是历史类书籍，更侧重讲日本的文化而不是历史。
通史：
日本史概说
作者： [日]坂本太郎著 汪向荣 武寅 韩铁英译 出版社：商务印书馆出版
日本史
作者： 吴廷璆主编
日本通史
作者：赵建民 刘予苇主编 出版社：复旦大学出版社
日本史研究入门
作者：[日]远山茂树 佐藤进一编吕永清译
日本历史讲话
作者：日本·伊豆公夫编 余平译
日本简史
作者：辽宁大学哲学研究所
日本历史（上、中、下）
作者：[日]井上清著 天津市历史研究所译
日本小史
作者：伊豆公夫著 杨辉译
日本二千六百年史
作者： 大川周明著 雷鸣译
日本历史大纲
作者： 哥温著 陈彬酥译
简明日本通史
作者： [日]依田熹家著 卞立强等译
古代史：
简明日本古代史
作者：王金林 出版社：天津人民出版社
日本大化革新
作者： 禹硕基 出版社：商务印书馆出版
弥生的日轮
作者：饭野孝宥著
先史时代的日本
作者：徐逸樵著
邪马台国
作者：汪向荣
中世近世史：
日本幕府政治
作者：王立达编写 出版社：商务印书馆出版
日本"米骚动"
作者： 戴永玲编写 出版社：商务印书馆
近代史：
加藤祐三史学著作选之三 日本开国小史--来自柏利的挑战
作者： [日]加藤祐三著 蒋丰译 出版社：中国社会科学出版社
日本近代史
作者： 栗田元次著 胡锡年译
康南海先生遗著汇刊（十）俄彼得变政记/日本变政考
作者： 蒋贵麟 出版社：宏业书局
日本近代社会运动史 风雪之碑
作者： 森正藏著 史存直等译
日本近代史
作者：（日）安冈昭男 出版社：中国社会科学出版社
日本近现代史 （上、下册）
作者：[日]井上清 铃木正四著杨辉译 出版社：商务印书馆出版
日本近现代史第一卷
作者：[日]远山茂树著 邹有恒译 出版社：商务印书馆
日本近现代史第二卷
作者：[日]今井清一著 杨孝臣、郎唯成、杨树人译 出版社：商务印书馆
日本近现代史第三卷
作者：[日]藤原彰著 伊文成 李树藩 南昌龙等译 出版社：商务印书馆
日本近代史
作者：万峰著 出版社：中国社会科学出版社
日本近代史讲座
作者：万峰 沈才彬编 出版社：甘肃人民出版社
日本帝国主义的形成
作者：[日]井上清
明治维新史
作者：伊文成 马家骏
日本维新史
作者：[加拿大]诺曼著 姚曾廙译
明治维新讲话
作者：[日]服部之总著 舒贻上译
简明日本近代史
作者： 吕万和 出版社：天津人民出版社
日本近代史纲
作者：[苏]加尔别林主编 出版社：三联书店
日本改革史纲
作者：刘天纯
明治维新的再探讨 （《世界历史》增刊）
作者：《世界历史》编辑部
明治维新--日本资本主义的起步与形成
作者：米庆余
日本明治维新
作者：武安隆 王家骅 出版社：商务印书馆出版
日本西南战争
作者：米庆余
对外关系史：
朝鲜壬辰卫国战争
作者：李景温
日本北方领土
作者：[日]吉田嗣延等 出版社：上海译文出版社
日本外交史上、下册
作者：[日]信夫清三郎编
日本近代外交史
作者： 米庆余著
日本遣唐使简史
作者： 池步洲 出版社：上海社会科学院出版社
江户时代中国典籍流播日本之研究
作者：[日]大庭修著 戚印平 王勇等译
中国江南：寻绎日本文化的源流
作者： 王勇 出版社：当代中国出版社
汉籍在日本的流布研究
作者： 严绍璗 出版社：江苏古籍出版社
中国典籍在日本的流传与影响
作者： 陆坚 王勇 出版社：杭州大学出版社
其他专题史：
日本文化史
作者：[日]家永三郎著 刘绩生译
日本海军史
作者：[日]外山三郎著 龚建国 方希和译
日本人民史
作者：[日]羽仁五郎著 马斌等译
日本政治史 第一卷 西欧的冲击与开国
作者：[日]信夫清三郎著 周启乾译 出版社：上海译文出版社
日本政治史 第二卷
作者：[日]信夫清三郎著周启乾 吕万和 熊达云译 出版社：上海译文出版社
日本政治史 第三卷
作者：[日]信夫清三郎著 吕万和 熊达云 张健译 出版社：上海译文出版社
日本政治史 第四卷
作者：[日]信夫清三郎著 周启乾译 出版社：上海译文出版社
日本政治史 第一册 幕末维新 明治国家之成立
作者：[日]升味准之辅著 董果良译
日本西方文化摄取史
作者：郑彭年 出版社：杭州大学出版社
日本社会经济史
作者： 内田繁隆 出版社：商务印书馆
史学及历史批评：
日本历史--"国史"批判
作者：[日]井上清著 阎伯纬译
日本的修史与史学
作者：[日]坂本太郎著 沈仁安 林铁森译 出版社：北京大学出版社
日本历史概论
作者： 洪平健
史料类：
一六○○年以前的日本
作者：王辑五 选译
一六○○--一九一四年的日本
作者：世界史资料丛刊初集编辑委员会编 杨人楩主编 张萨桐选译
早期日本游记五种（东游日记、日本日记、游历日本余纪、使东述赂[附]使东杂咏、日本纪游）
作者： 罗森等 出版社：湖南人民出版社
日本考
作者： [明]李言恭 郝杰 出版社：中华书局
历史论文集及工具书：
日本历史辞典
作者：[日]竹内理三等编 沈仁安 马斌等译
日本人物辞典
作者：日本人物辞典编纂委员会编 出版社：商务印书馆
中国日本史学会第二届学术讨论会 日本史论文集
作者： 中国日本史学会 出版社：辽宁人民出版社
日本史论文集
作者：中国日本史研究会 出版社：生活·读书·新知三联书店
日本学 第四辑
作者：北京大学日本研究中心编
日本学 第五辑
作者：北京大学日本研究中心编
日本学 第六辑
作者：北京大学日本研究中心编
日本学 第九辑
作者： 北京大学日本研究中心编
近代日本研究论集
作者： 俞辛焞著 出版社： 天津人民出版社
郑森禹日本问题文选
作者：郑森禹著
人物传记：
中日友好的先驱日本著名高僧空海
作者： 黄道立 出版社：商务印书馆
日本近代十大哲学家
作者： [日]铃木正 [中]卞崇道 等 出版社：上海人民出版社
日本历史人物传（近现代篇）
作者：伊文成 汤重志 贾玉芹 出版社：黑龙江人民出版社
日本天平女皇孝谦传
作者：刘明翰 刘丹忱 出版社：吉林人民出版社
日本天皇列传
作者：蒋立峰 出版社：东方出版社
东瀛奇葩：日本历史上的杰出女性
作者：（日）松下孝子 出版社：中国社会科学出版社
百代盛衰--日本皇室
作者： 赵晓春 出版社：社会科学文献出版社
文化：
77把钥匙 --开启日本文化的奥秘
作者：（日）梅棹忠夫
儒家思想与日本文化
作者： 王家骅 出版社：浙江人民出版社
禅与日本文化
作者：[日本]柳田圣山著 何平 伊凡译 出版社：译林出版社
德川宗教：现代日本的文化渊源
作者： 贝拉 出版社：生活·读书·新知三联出版社
神秘的日本文化心理
作者： 武继平编译
日本文化的历史踪迹
作者： 王勇 王宝平主编
武士日本
作者： 陈洪波 黄朝荣编 出版社： 江苏文艺出版社
日本的文化摇篮--京都
作者： 丛淑媛 出版社：上海人民出版社
日本文化史 一个剖析
作者：
日本之谜--东西方文化的融合
作者： 梁策 出版社：贵州人民出版社
国家神道
作者： [日]村上重良 出版社：商务印书馆
日欧比较文化
作者： [葡]路易斯·弗洛伊斯著 [日]冈田章雄译注范勇 张思齐译 出版社：商务印书馆出版
菊与刀--日本文化的类型
作者： [美]鲁思·本尼迪克特著 吕万和 熊达云 王智新译 出版社：商务印书馆
神秘的日本文化心理
作者：武继平编译
日本神道教与文化
作者： 赵锦元 戴佩丽 出版社：中央民族大学出版社
日本文化的历史踪迹
作者：王勇 王宝平主编
日本文化与日本人性格的形成
作者：[日]源了圆著 郭连友 漆红译
世界文化史知识：第六卷 没有经卷的宗教--日本神道
作者： 刘立善著
高天原浮世绘--日本神话
作者：刘毅著
文学艺术：
《茶经》与日本茶道的历史意义
作者：[日]千宗室
日本文学思潮史（东方文化集成）
出版社：经济日报出版社
日本茶道文化概论
作者：滕军 出版社：东方出版社
宗教：
日本近现代佛教史
作者： 杨曾文 张大柘等 出版社：浙江人民出版社
日本佛教史纲
作者： [日本]村上专精 出版社：商务印书馆
心 日本佛教文化丛谈
作者： 高田好胤 出版社：生活·读书·新知三联书店
日本佛教史
作者： 杨曾文 出版社：浙江人民出版社
宗教与日本现代化
作者： 王志远 出版社：今日中国出版社
日本社会研究：
商务新知译丛 符号帝国
作者：[法]罗兰·巴尔特著 孙乃修译
日本人
作者： [美]才能德温·赖肖尔 出版社：上海译文出版社出版
日本的性格
作者： 长谷川如是闲著 罗茂彬译
日本的改革与振兴
作者： 出版社：商务印书馆出版
日本研究
作者： 陈彬龢编著
日本论
作者： 哈耶玛原著 张原译
近代日本政治体制研究
作者： 武寅 出版社：中国社会科学出版社
日本的近代化--与中国的比较
作者：[日]依田憙家 译者：卞立强 出版社：中国国际广播出版社
思想：
森林思想--日本文化的原点
作者：[日]梅原猛著
近代日本思想史（第一卷、第二卷）
作者： [日]近代日本思想史研究会 出版社：商务印书馆
福泽谕吉与日本近代化
作者： 丸山真男 出版社：学林出版社
江户时代日本儒学研究
作者： 王中田 出版社：中国社会科学出版社
东方哲学史资料选集 日本哲学 一、古代之部 二、德川时代之部
作者： 北京大学哲学系 东方哲学史教研组编 出版社：商务印书
日本的古学及阳明学
作者： 朱谦之 出版社：上海人民出版社
日本哲学思想史
作者： [日本]永田广志 出版社：商务印书馆
文明论概略
作者： [日]福泽谕吉 出版社：商务印书馆
日本政治思想史研究
作者： [日]丸山真男 出版社：三联书店
其他：
日本国势之解剖
作者： 王骏声等译 矢野恒太著
生活在遥远的年代丛书 武士与将军 日本
作者： [美]时代-生活图书公司编著 李靖译 出版社： 山东画报出版社
日本
作者： 范作申著
补充：
世界文化史知识：第十卷 十七音的世界--日本俳句
作者： 马兴国
世界文化史知识：第六卷 悟化的生命哲学--日本禅宗
作者： 刘毅
菊花与刀--日本文化的诸模式
作者： [美]本尼迪克特 孙志民 马小鹤等译
日本古代文学思潮史
作者： 叶渭渠
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本文概览：目前中国学术界的日本通史有吴廷璆老先生编写的《日本史》这是很老的一本了，估计不好找，这是中国的日本学研究者的必读本。接下来有王仲涛,汤重南编写的《日本史》，08年人民出版社出版...