一般来说，工程类的发票一般纳税人开的应该是9个点，而3个点的发票则适用于小规模纳税人。
工程发票3个点跟9个点的发票的区别如下：
1、计税方式不同：9%的建筑劳务税率对应的是简易计税方法，即依据收入总额，扣除相关费用后，换算为不含税的收入额，再乘以适用的税率；3%的建筑劳务税率对应的是一般计税方法，即依据不含税的收入额，扣除相关费用后，换算为含税的收入额，再乘以适用的税率；
2、开具发票不同：9%的建筑劳务税率可以开具增值税专用发票，而3%的建筑劳务税率只能开具增值税普通发票。
按简易计税方法为3%，一般记税方法为9%；
建筑劳务简单来说就是是劳动力的承包，有的建筑劳务是建筑队直接对外招聘过来的，但是现在很多企业为了最大程度节约成本，更原因和劳务派遣公司签订劳务派遣合同。
如果总承包商按一般记税方式记税，不管是3%还是9%的增值税专用票，只是进项税不同，其他的都是相同的，简易计税方式即按营业额和所得税增值税率计算税款，而不可抵税进项税的所得税计算方式。
个人到税务机关开具劳务发票，是个人主动到税务机关纳税同时税务机关给予开具发票，凭发票就可到支付单位领取报酬。
而单位到税务机关开具劳务发票，也是帮付出劳务的个人来开票，纳税义务人还是付出劳务而收到报酬的个人。
工程款税率有以下几种：
1、营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，税率3%。
2、个人所得税：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%
3、城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7%;纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%;纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1%。
4、教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3%。
5、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3‰计算缴纳。
综上所述是小编对工程款税率3%和9%做出的相关回答，希望可以帮助到您。
法律依据
《中华人民共和国发票管理条例》第十六条
发生劳务报酬业务的，应当开具劳务发票。
第二十三条
发票可以开具给收取费用的对象，相对于付费方而言，收费方可以根据收费的属性来开具发票。而民间协商决定的劳务报酬属于收取费用，则可以准备开具发票。
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